تقسم هذه الكاتدرائية إلى قسمين: الأول هو مزار القديسين بطرس وبولس الذي يخبرنا التقليد الكنسي أنه في هذه الغرفة إجتمع القديسان بطرس وبولس، نحو سنة 58 ميلادي
أما القسم الثاني فهو كاتدرائية القديس نيقولاوس وهي كاتدرائية صيدا القديمة شفيعها القديس نيقولاوس العجائبي رئيس أساقفة ميراليكيا، يعتقد أن تاريخ بنائها يعود إلى القرن الثامن وقد تم تجديد بنائها بعهد المطران أفتيموس الصيفي وقد حرر صكاً رسمياً بذلك، وفي سنة 1819 ميلادي قسمت الكنيسة إلى قسمين ثلث للروم الأرثوذكس وثلثين للروم الكاثوليك بموجب مرسوم صادر عن سليمان باشا مؤرخ في الخامس من تشرين الثاني 1819، أهم ما في الكنيسة هي الأيقونات الموجودة على الأيقونسطاس وتعود إلى أواخر القرن الثامن عشر وهي محلية تعود إلى المدرسة الحلبية، تم ترميم الكنيسة (قلشها على الحجر) سنة 1996 وما زالت أعمال الترميم جارية، وتقام الصلوات في الكنيسة بشكل منتظم أيام الآحاد والأعياد